尼奥在母体中苏醒过来，此时他正失陷于母体中，身体与思想处于分离状态。他在火车站遇到神秘流浪汉，随后一同搭乘火车。在火车上流浪汗详细告知了尼奥救世主身份的来龙去脉。与此同时，锡安的居民们正在与机器做殊死的搏斗。冒进的战略思想导致他们首轮既遭重创。战后会议之后，墨菲斯和崔妮蒂寻找到了失踪的奈尔碧，并得知了尼奥的情形。

　　他们一起返回锡安，墨菲斯等人带着尼奥的身体重新进入通讯层去见先知。

　　先知告知他们必须通过地狱，才能从公爵手里救出尼奥。同时还暗示了帕瑟芬与公爵同在一处，并安排了他的保镖六翼天使协同作战。 

　　锡安的情况已经十分危急。两个小时之后，机器的主力部队即将兵临城下。

　　在地狱深处，前去营救尼奥的一干人等，遇到了老对手双子星。一场恶战，六翼天使阵亡。在帕瑟芬的帮助下，成功除掉了公爵。但是锡安的情形却没有好转。尼奥获救后，立即履行救世主的义务，除掉作恶多端的双子星。与先知的会面，他清楚了人类与机器已经维系在一起。而特工史密斯则是系统最大的威胁。

　　崔妮蒂在随后的战役中不幸丧生，如此复杂混乱的局面，先知也无法预言最后的结局。系统本身更是矛盾重重，尼奥只能依靠自己的判断决定人类与机器的命运。