上回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：NEO将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。他的使命会实现吗？矩阵会那么甘心被摧毁吗？
实际上，整个《重装上阵》是NEO探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，NEO随同亲密爱人翠尼蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外，基地的政治家们也上场了。
就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，积弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》《史记》之类古籍的电子版本，NEO他们一下便想到了“围魏救赵”的良策，决定再次潜入矩阵，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。同时，NEO也想再和“先知”谈一谈，以便更多地了解自己的神圣使命。
可是，“矩阵取经”的道路注定是凶险多端的：在寻找矩阵系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，NEO、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力升级了，数量更是增多了，NEO的超能力受到致命的挑战，墨菲斯和翠尼蒂对NEO的信心也受到无情事实的打击。究竟NEO他们能不能完成任务后从矩阵内部全身而退？锡安基地的命运如何？
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