《无间道》讲的是两个身份混乱的男人的故事，他们分别为警方和黑社会的卧底。现在他们决心要离开这个不辨是非的处境，离开无间地狱，寻回自己。
刘健明是香港黑帮三合会的会员，10多年前，他听从老大韩琛的吩咐，加入了香港警察，成为黑社会卧底。刘健明果然不负所望，用了七年的时间晋升至警长，更有望升为见习督察。其实，刘的上位全因有韩琛为其提供大量敌对帮派的犯罪情报。这一过程中，韩琛也乘势扩张，势力大增，现已牢牢控制了油尖旺区的毒品供应。
陈永仁一心想做个好警察，在考入警察学校后却没有完成学业便被强逼退学。表面上的理由是陈的身体状况不适宜执行警务工作；实际的理由是，警方派陈深入三合会做卧底工作。做卧底后不久，陈永仁因伤人被判刑，两个月后因再犯被监禁十日。六年来，陈共有伤人记录八次，被法庭强制接受心理辅导。虽然如此，但陈永仁现在是江湖中的红人，他的老大就是近几年活跃于油尖旺区的韩琛。
2002年3月的一个晚上，尖沙咀警区重案组B队根据线人提供的情报，获知近期有一批毒品交易。在刑事情报科的支援下，重案组B队已经锁定目标人物韩琛，他之前已经多次逃脱警方的罗网。不料，双方的这次情报都被泄露，对方的毒品交易没有成功，警方的行动也因此失败。这一事件，暴露了双方都有卧底在对方阵营的事实，引发两方面清除内奸的决心。
两个命运迥异却又如此相似的角色，一个生死相携的故事。陈永仁、刘健明在这个铲除内奸的过程中均接受到严峻的考验。到底是命运弄人，还是人定胜天，等待你的是一个难以意想得到的结局。
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