自然界的四大元素是: 风,火,水,土，它们各自有一块代表的神石。这四块元素神石连同第五元素，被外星人--蒙督沙瓦人(MONDOSHAWAN)在1914年带离了地球。300年后，23世纪，地球面临着一场浩劫: 一个火热的星球将撞击地球。蒙督沙瓦人带着第五元素和四大元素神石重返地球，以帮助地球度过劫数。可惜携有第五元素的飞船却被另一类外星人--孟加罗人(MANGALORE)击落了。地球人仅获得第五元素的残骸。
利用第五元素残骸的DNA，地球人成功地重新构造了第五元素: 一个漂亮的红发女郎--莉露。莉露从实验室跑了出来，无意中撞到了科本-达拉斯驾驶的出租车上。莉露被警察追捕，达拉斯冒险把莉露送到了卡南刘斯神父处。卡神父深知第五元素的来龙去脉，他是蒙督沙瓦人在地球的联络人，世世代代等待着第五元素重返地球。卡神父从莉露口中得知，风火水土四大元素神石并非与莉露在一起，而是由蒙督沙瓦人委托一名外星歌唱家带到了 "失落天堂"星球。神父决定前往失落天堂取回四块神石。
与此同时，地球上的一个地位显赫的败类--佐格与孟加罗人勾结，妄图夺取四块神石。但是，令佐格大为恼火的是，孟加罗人带给他的只是一只空箱子，而不是他渴望已久的四块神石。这时，地球联邦的总统也从蒙督沙瓦人处得知四块神石被带到了失落天堂，于是命令一位将军派特工人员去取神石。将军立即找到了退役的特种部队上校科本-达拉斯，希望他能完成这项任务。达拉斯就与莉露一起乘航天飞机前往失落天堂。
在失落天堂，达拉斯和莉露，与闻讯赶来的孟加罗人和佐格发生激烈的战斗，终于，达拉斯从一位外星歌唱家的身上(严格地说是肚子里)得到了四块元素神石，但是，莉露也身受重伤。此时，距火热星球撞击地球的时间已不足两小时了，达拉斯带着四块神石和莉露火速赶到埃及的五大元素祭坛。在达拉斯的鼓励底下，莉露在最后关头终于汇集风火水土四大元素的力量，制止了火热星球的推进，避免了末日的来临。
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